Efter reformationen blev Antvorskov en tid ved at bestå som gejstlig stiftelse under priorer (Niels Andersen Foss 1538-68, Bertel Sørensen 1568-80, hr. Jesper 1580). 1546 holdtes et vigtigt bispemode på Antvorskov, og endnu 1555 begravedes Århusbispen Ove Bille her. Men 1580 udnævntes Frederik II's yndling Peder Reedtz (d. 1607) til lensmand på Antvorskov, som dermed sekulariseredes. Da levede endnu kun prioren og 3 munke. 1580-84 ombyggedes Antvorskov til kongebolig, efter at de fattige og syge, der hidtil forsørgedes på hospitalet, var overført til Slagelse hospital, der herfor fik overdraget visse indtægter af Antvorskov. 1585 kundgjorde kongen, at enhver der for fremtiden kaldte Antvorskov for kloster og ikke slot, skulle bøde en okse. 1584 holdtes herredag på Antvorskov, hvor Frederik II opholdt sig en del, og hvor han døde 4/4 1588. Christian IV opholdt sig her undertiden, navnlig i sine yngre år, således under en pestepidemi 1592. 1619 holdtes herredagen af samme årsag på Antvorskov, som herefter trådte mere og mere i baggrunden under Christian IV's egne store slotsbyggerier og stort set alene tjente som bolig for de kongelige lensmænd (fra 1662 amtmænd). 

Frederik den Fjerde gjorde Antvorskov til grevskab for sin elskerinde Elizabeth Helene von Vieregg, men hun døde kort efter, og kongen overtog grevskabet. Derefter blev Antvorskov gods udlagt til Ryttergods, dvs. her garnisoneredes dele af det nationale rytteri, og indtægten fra jorden skabte det økonomiske grundlag for hæren. 1763 ophævedes ryttergodset. Efter forskellige planer for salg og nogle forsøg med landboreformer blev slot og gods solgt på auktion i 1774. Kirkefløjen blev straks revet ned og materialer anvendt til opførelsen af herregården Falkensteen. Kirkeklokken tog Constantin Bruun med til København, da han solgte i 1806. Klokken skænkede han senere til den nyopførte Vor Frue kirke (Københavns domkirke). 

Generalkrigskommissær Hagen Christian von Astrup gjorde i årene 1810 til 1814 et stenbrud af nord- og vestfløjen, men østfløjen blev først revet ned i 1858 af købmand Hans Henrik Schou, der havde købt slotsparcellen, og ville opføre en villa på stedet. Tilbage er ruiner af nogle middelalderlige huse, men intet af selve klosterbygningen eller kongeslottet. 

Af det hovedsagelig 1774 opløste ryttergods udloddede man ved auktionen 1774 9 parceller, der efterfølgende dannede følgende gårde:

Valbygård	For at oprette hovedgården, nedlagde man 1774 hele landsbyen Store Valby med 11 bøndergårde. Det var general Joachim Melchior Holten Castenskiold til Borreby, der købte denne del af ryttergodset.
Nordruplund	Køberen var 1774 Johan Lange Duus. Han afhændede det til Niels Frederik Grabow Juel, som 1825 solgte det til Sorø Akademi.
Frederikslund	1774 købt af Hans Larsen Fogh. Det blev overtaget og udvidet 1783 af statsminister og generalmajor Hans Henrik von Eickstedt til Bolttinggård. Han omdøbte det nu større gods til Store Frederikslund. 1801 købte general Jørgen Frederik Grevenkop-Castenskiold godset, som forblev i hans slægt.
Falkensten	Pebringegård købt 1774 af Georg Ditlev Frederik Koës, som kaldte gården Falkensten efter sin kone, som hed Anna Mathea Falck.	-
Gyldenholm	Oprettet af Anders Dinesen, der købte godset i Kirkerup, middelalderens Gimlingetorp. Han købte også parcellen Lystagergård, som også indgik i Gyldenholm.  Godset blev 1862 købt af Charles Adolph Denis de Neergaard, hvis efterkommere beholdt gården.
Katrineholm	Er udstykket af Gyldenholm 1802 og solgt til Henrik Prætorius († 1853). Allerede 1804 blev gården solgt til apoteker i Nakskov Claus Seidelin Jessen  († 1837), som opførte bygningerne og opkaldte gården efter sin stedmoder. Den har herefter haft mange forskellige ejere.	-
Tårnholm	Godset i Tårnborg blev opkøbt af Dyrehovedgård, som 1777 oprettede anneksgården Tårnholm.
Brorupgård	Udskilt allerede 1674 ved salg til Poul Nielsen adlet med navnet Rosenpalm. Godset er det gamle bispelen Broderup. Deraf det nye navn.